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2009年，河南省安陽市對外宣稱發現曹操墓，引起轟動和爭議。隨後，復旦大學人類遺傳學實驗室宣布，擬用DNA技術研究曹操家族DNA。
經過兩年多研究，復旦課題組已基本確認，曹操家族DNA的Y染色體SNP突變類型為O2*-M268，由此推斷出曹操父親並非過去所流傳的夏侯氏的後人，更不是西漢第二任相國曹參的後人，而很可能是當時權傾朝野的宦官之首曹騰在自己家族內部過繼的。曹騰為了凸顯自己身世，才編造出自己是曹參後人的說法。
一顆牙齒確定曹操身世
盡管根據現代曹姓後人的基因，復旦大學課題組成功反推出曹操家族DNA，但並不能百分之百地確定曹操的身世。直到此次，科學家又將曹操祖輩的DNA與曹操後人DNA進行對比，才100%地確定了曹操的身世。
2011年，復旦大學歷史係教授、中國魏晉南北朝史學會副會長韓昇、復旦大學現代人類學教育部重點實驗室李輝教授來到曹氏宗族墓所在地——安徽亳州。在當地文物主管部門的積極配合下，課題組專家在庫房內找到兩顆牙齒——均是上世紀70年代從曹氏宗族墓“元寶坑一號墓”中出土的。
結合曹氏宗族墓考古挖掘領隊李燦和現場挖掘人的口述，以及“元寶坑一號墓”墓室內中央位置的墓磚銘文“河間明府”，課題組最終確定兩個牙齒均來源于曹操叔祖父河間相曹鼎。曹鼎和曹騰是兄弟關係，這在《後漢書》中有明確記載：“又劾奏河間相曹鼎臧罪千萬。鼎者，中常侍騰之弟也。”
課題組帶回一顆保存較好的牙齒，回到復旦大學現代人類學教育部重點實驗室，課題組嚴謹提取牙齒中的古DNA，經過一個月一次、反復6次的測試，最終確認該牙齒中的古DNA中Y染色體SNP突變類型就是之前找到的O2*-M268。
2012年底，根據現代基因和古DNA的雙重驗證，復旦課題組最終100%確定了曹操家族的DNA：家譜記載為曹操直係後代的現代8個獨立家族中，有6個家族的Y染色體為少見的O2*-M268，這證明曹操Y染色體是該類型，安徽亳州的曹操祖輩墓葬“元寶坑一號墓”的遺骨(曹鼎)也屬于此類型，但夏侯氏、曹參後人都不是該類型。
4年尋蹤曹操家族DNA
人類DNA共有30億個鹼基對組合成23對染色體和線粒體，男性獨有的、鹼基對較穩定的Y染色體是最合適的檢測對象。
要確認曹操的DNA，最重要的是鎖定曹操DNA特性。首先，李輝需要可靠的樣本制出一幅
遺傳圖譜，看看曹姓來源于多少個祖先。2009年，復旦大學徵集曹操後人，在全國採集了79個曹姓家族的280名男性和446個包括夏侯、操等姓氏男性志願者的靜脈血樣本，最終樣本超過1000例。
與此同時，韓昇對上圖館藏家譜、民間家譜等歷史文獻搜集分析，對各地258個曹姓家譜做梳理，並與史書和地方志參照，尋找曹氏遷徙的線索。由此，課題組篩選出8個有家譜、經過史料分析具有一定可信性的曹氏族群。
然後，經過復雜的Y染色體DNA全序列檢測，課題組最終發現其中6個家族屬于O2*-M268的基因類型，這6支樣本的祖先交匯點在1800年至2000年前，正是曹操生活的年代。
這些家族的血樣中，共同檢出了一個非常罕見的染色體類型，比例在全國人口只佔到5%左右。假定他們都是倣冒的，那麼巧合概率就只有千萬分之三。因此，在法醫學上就可以認定，他們是真實的曹操後代。
在這次曹操家族DNA的研究中，課題組還用同樣方法驗證了漢代丞相曹參的家族基因。它與曹操家族的基因沒有關係，從而證明曹操是曹參後人的說法有誤；其次，民間傳說操姓是曹操後代避禍改姓而來，經過基因驗證，這兩個姓氏之間也沒有明確的遺傳關係；另外，研究還表明現有的夏侯氏基因與曹操家族基因也不一致，因此曹操從夏侯氏抱養的說法也不準確。
據了解，目前通過DNA鑒定，共找到了9支曹操的後人(其中6支有家譜記載)，分別來自安徽績溪、安徽舒城、安徽亳州、江蘇海門、廣東徐聞、江蘇鹽城、山東乳山、遼寧東港、遼寧鐵嶺。
歷史學與人類學結合生成新學科
此次復旦大學課題組對曹操後代的追尋，第一次從基因層面驗證了許多同姓人群在千百年前確實是一家。而生命科學和歷史學的跨學科合作，也將有助于更多歷史謎團的揭開。
在這次研究中，人類學介入到歷史文化的研究中，並發揮了舉足輕重的作用。韓昇稱，“我們可以通過今人的基因情況，往前追溯許多歷史名人、歷史家族、歷史民族。這可以進行中國古代家族史的研究，還可以發現中華民族自古以來的形成過程。這一研究手段甚至還可以用于世界史的‘重寫’。”
據介紹，目前兩個課題組已經合作對東南亞和東北亞的人群之間的關係進行了研究。
