黃金家族的復辟
在衛拉特人實力削弱的時候，成吉思汗後裔們並未立即組織反攻，因為他們正在家族戰爭中互相殘殺。
1467年，成吉思汗的第27代繼承人滿都古勒大汗在討伐他的侄孫和繼承人博勒呼濟農的一次戰爭中去世。而博勒呼濟農在他能夠稱汗之前的1470年也被暗殺。一度人丁興旺的黃金家族中，現在僅剩下一個5歲的男孩、博勒呼濟農之子達延。
達延的命運及其不幸，家族的長輩都在內訌中死去，小小的孩子孤苦無依，連他的母親都拋下他改嫁了，這簡直比成吉思汗年幼時的遭遇還要悲涼。所幸，滿都古勒汗的年輕遺孀滿都海賽音可敦把他置於自己的保護之下。滿都海賽音可敦是一個了不起的女人，她不但撫養了達延，還在1470年宣佈他為大汗。最為難得的是，滿都海賽音可教作為女人率領軍隊打敗了衛拉特人，將他們徹底趕出了蒙古中東部地區。為達延汗日後的統治奠定了基礎。
達延汗
達延汗是蒙古帝國統治時間最長的大汗，從1470年到1543年整整73年。在1481年親政之後，達延汗鎮壓了右翼土默特人、兀良哈人的叛亂。並從1497年到1505年間，他對從遼東到甘肅的明朝邊境地區進行了一系列卓有成效的攻擊，使得明朝無法與衛拉特人聯繫。
1543年達延汗去世之後，他的孫子博迪繼承了汗位。雖然廣大的領土被達延汗的眾多子孫瓜分，但從1544年到1634年蒙古帝國的汗位一直穩固的在達延汗的長支後裔察哈爾部中傳承，歷經博迪汗(1544-1548年)、庫登汗(1548-1557年)、圖們札薩克圖汗(1557-1593年)、徹辰汗(1593-1604年)和林丹汗(1604-1634年)。
蒙古帝國的滅亡
雖然達延汗的長期統治穩定了蒙古帝國汗位傳承，但並沒有克服蒙古民族的最大弱點——實行瓜分家族遺產的習慣法。當帝國的創建者死後，帝國便成了一種類似聯邦式的家族國家，國內的各級首領，都是兄弟或堂兄弟，他們雖然承認察哈爾部的最高權利，但處於相當的獨立狀態。
隨著時間的流逝，察哈爾部的汗位繼承者們逐漸失去了足以統治整個蒙古的力量，西方的衛拉特人和東方興起的通古斯人(滿人)都是他們可怕的敵人。但這個時候，衛拉特人正在對付哈薩克汗國、沙皇俄國以及內部的綽羅斯家族與和碩特家族的權力爭奪，因此，結束蒙古帝國歷史的，只能是通古斯人建立的後金帝國了。
1604年，林丹繼承汗位，接受黃教沙爾巴呼圖克圖的灌頂戒教，稱林丹庫圖克圖汗。林丹汗並不是一個昏庸無能的可汗，他早已看出後金帝國對於蒙古的野心，因此上從繼位始，便開始從新統一各部，自稱“統領四十萬眾蒙古國巴圖魯青吉斯汗”。1627年派兵收服右翼鄂爾多斯、喀喇沁、土默特等部，與喀爾喀部卻圖汗結為聯盟，聲威大振，所轄地域東起遼東，西至甘肅。但是，次年，朵顏兀良哈的蘇布臺、喀喇沁的達來臺吉、土默特和布石圖汗、額爾多斯的額仁沁濟農以及永謝布、阿蘇惕、阿巴嘎、喀爾喀等部聯合組成大軍十萬，在土默特的召城一戰中，消耗了林丹汗精銳兵力四萬餘人，這使得林丹汗的實力大為削弱，而他的敵人是綜合了蒙古人的彪悍和漢人的謀略的後金皇帝努爾哈赤和皇太極，這就註定只有勇猛而少計謀的他只能失敗。
努爾哈赤時，科爾沁部、扎魯特部便在聯姻之下歸附了後金。土默特、喀喇沁、兀良哈等部為了避免林丹汗的報復，也投奔了後金。1625年，林丹汗出兵嫩江，攻打科爾沁部。後金出兵援助科爾沁，林丹汗退走。皇太極即位後，把林丹汗做為主要的敵人。1628年，派遣貝勒阿濟格與老哈河上游受林丹汗統治的喀喇沁部會盟，共擊林丹汗。9月，皇太極親率大兵至綽洛郭爾，宴會察哈爾部控制下的敖漢、奈曼、喀爾喀、札魯特和喀喇沁等部領兵前來的諸首領。林丹汗空有大汗之名，但已經陷入了孤立，被迫退出西拉木倫河流域，至歸化城(今呼和浩特)固守。
1632年4月，皇太極再率大軍西進，多爾袞從徵。至西拉木倫河畔，會集蒙古諸部兵，共擊林丹汗。面對勢力遠勝自己的敵軍，林丹汗無奈自歸化城驅人畜十萬渡黃河西逃。但面對已經大勢已去的大汗，部眾十之七八在途中散去。林丹汗逃奔青海，兩年後在青海打草灘病死，他臨死前，也許會和明朝的末代皇帝崇禎一樣，哀嘆“朕不是亡國之君！”，他們都努力過了，但是他們的才能都無法使他們重現祖上的榮耀。明帝國和蒙古帝國爭鬥了兩百多年，誰也沒能消滅對方，最後，在相差不到10年時間內，先後被滿清所滅。
1635年，多爾袞與岳托等領兵萬人渡河，招降林丹汗部眾于額哲，林丹汗的妻子和兒子歸降，交出可汗印信，整個漠南蒙古完全納入了後金帝國的版圖，蒙古帝國的汗位至此斷絕，而蒙古帝國，也永遠的消失了。
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