戰亂的第二階段是那兀納通過兵變取代阿迷里丁而佔領泉州，並割據泉州直至被陳友定的軍隊消滅。
扶信率亦思巴奚軍主力北上進攻興化之後，泉州城防守變得空虛，到了1362年（至正二十二年）二月，原泉州市舶司提舉、蒲壽庚的孫婿、遜尼派穆斯林那兀納趁機發動兵變，襲擊並殺死了阿迷里丁，並在泉州大肆搜捕阿迷里丁的親信黨羽，將亦思巴奚軍置於自己的控制之下，成為了泉州的統治者。而當時帶兵在興化的扶信只得到福州投靠賽甫丁，而賽甫丁仍然扶持林珙為興化總管。
到了1362年4月，元朝委任燕只不花接替調往江浙的普化帖木兒任福建行省平章政事，但駐守福州的賽甫丁卻緊閉城門、拒絕讓燕只不花進入。燕只不花於是調集包括陳友定的部隊在內的福建各路兵馬合攻福州，林珙的興化軍隊也在徵召之列，但林珙借故推脫，燕只不花就調江西行省左丞余阿里到興化負責防禦事宜。屢敗賽甫丁，並將福州城圍困長達三個月，賽甫丁最終接受調停，率軍登船從海路離開福州回到泉州，而福建行省參政觀音奴還在賽甫丁和扶信上船之後襲擊尚未登船的亦思巴奚軍士兵數百名，賽甫丁從此失勢。
那兀納在泉州用殘忍的方法統治和搜刮人民，甚至用強奪的方式斂財，並將許多抗拒的民眾殺死，藉此得以聚斂大量財富，他把泉州所有的非蒙古人的官員全部驅逐，還從民間遴選了大批女子作為他的妻妾，以觀看這些女子撿取他撒於樓下的金豆為樂。他還興建了極為華麗的清真寺，將搜到的財物積存於寺中，生活驕奢淫逸。政治上，那兀納一開始與福州的燕只不花有着一定的默契，以此對抗其他勢力，甚至抵觸元朝中央政府。1364年至1365年，元朝政府設置興化分省、興泉分省和泉州分省的計劃都被那兀納和燕只不花破壞，1365年（至正二十五年）十月，那兀納甚至直接和奉元朝皇太子之命從大都來福建設置興化、泉州分省的福建行省左丞觀孫發生衝突，陽奉陰違，拒絕服從元朝中央政府的命令，最後逼迫觀孫離職。
在興化的問題上，那兀納延續了阿迷里丁對抗陳同、柳伯順家族武裝的政策。泉州那兀納兵變發生之後，柳伯順和陳同又於1362年（至正二十二年）三月伺機發動反攻，分別攻克興化縣和仙游縣，柳伯順又強迫興化縣民眾入伍，準備和陳同夾攻莆田城，但陳同爽約，柳伯順部隊只得單獨進攻莆田城寧真門，守城的林珙方面軍心畏懼、陷入困境。這時恰逢亦思巴奚軍的兩個騎兵從泉州抵達莆田，林珙就利用這兩位番軍騎兵打頭陣，率領莆田軍隊出城迎戰，謊稱是泉州亦思巴奚大軍來援。柳伯順的部隊信以為真，準備不足，因而大敗而歸，士兵陣亡上千人。當年六月，柳伯順再次驅遣興化縣民兵進攻莆田縣，但再次慘敗，損兵上千。由於兩次進攻莆田的企圖都告破滅，柳伯順便領兵盤踞在興化縣，不輕易出擊。
燕只不花佔領福州後，委任余阿里到莆田城管理興化分省，不久，又由參政鄭旻接替余阿里。鄭旻着手調解林、陳兩家的世仇，終於讓林珙離開莆田城，返回其家鄉莆田縣莆禧，並讓陳同、柳伯順停止軍事行動。雖然停火，但興化路依然形成了四分的局面，柳伯順割據興化縣、陳同盤踞在仙游縣、林珙和林許瑛則擁有莆田縣的新安里、合浦里等十幾個里，而鄭旻所管轄的興化分省實際上只控制着莆田城及附近幾個裡的很小的範圍.
雖然林、陳兩家族停火，但在仙游縣卻又有新的家族武裝衝突發生。1362年五月，在陳同和柳伯順發動對林珙的反攻之後，又率領一千多士兵進攻仙游謝岩的豪族謝必恭家族，以報復當初謝氏家族拒絕兵敗的陳、柳二人借兵借糧的請求。陳、柳軍隊順利攻下謝岩，並劫掠了謝家的人口、財產，焚毀其房屋。為了報仇，謝必恭於1362年十一月從尤溪縣招募一百多名亡命之徒進攻陳同轄下的仙游縣，但在龍華寺被鎮撫詹伯顏所擊敗。一年之後的1363年十二月，謝必恭又聯合土官鄭深甫、錢鑒等率領兩百多名尤溪民兵從九座山間道進攻仙游縣，柳伯順親自率領部隊在廉潔里擊敗謝氏軍隊，並追擊到柘山、俘獲了謝必恭，最後在龍華寺將謝必恭毒死。
1363年十一月，那兀納派遣部將博拜（又作白牌）、大闊先攻陷陳同據守的惠安縣，然後又攻陷了仙游縣以搜捕陳同，並將軍隊駐紮於楓亭，之後繼續向興化縣的柳伯順進攻，兵臨龍紀寺，在搜索柳伯順無果之後返回，駐紮在楓亭。1364年正月，那兀納指責興化分省長官鄭旻串通陳同、柳伯順，因而引兵進逼興化路城莆田，在撤換官員、殺死柳伯順所派的官吏之後，才在福建行省左右司員外郎德安的要求下於二月撤軍。1365年三月，福建行省左丞貼木兒不花被委任主持興化行省，前攝分省事郎中德安作為他的參贊，這一安排再次引發那兀納的不滿，他以追取軍儲為借口派泉州官員和其麾下的湖州左副奕軍三百人進入莆田城，橫行內外，最後逼帖木兒不花回到福州，而德安則以郎中之職留在興化，這時那兀納方才撤軍。十一月，元朝皇太子再度派前左丞觀孫前往興化、泉州負責分省事宜，但福建行省平章燕只不花為阻止元朝中央政府的插手，暗地裡命令興化的德安想方設法拒開觀孫。於是德安召集了大量民兵，連同福建行省派來的孟孫兩同僉兵合力據守興化。為了增強實力，德安又向泉州那兀納求兵，於是那兀納就派通事哈散、惠安縣尹黃希善帶領正規軍和民兵部隊進抵莆田城下，這時哈散又想趕走兩同僉兵，於是雙方爆發衝突，同僉兵擊潰了泉州部隊。因為害怕亦思巴奚軍的報復，莆田全城百姓連夜逃走，連德安也在次日離開。不久，哈散、黃希善、馬合謀、白牌就帶領亦思巴奚大軍入城，又還縱兵搶劫涵江、江口、新嶺，甚至把戰火燒到了福清的蒜嶺、漁溪、宏路一帶，所到之處燒掠一空，這些行為引發了興化人對亦思巴奚軍的強烈仇恨。同時，陳同和柳伯順開始轉向福建行省政府尋求支持，行省派兵進駐常思嶺，並派左丞鄭旻、郎中易里雅思勸白牌等將軍退兵，但白牌等拒絕服從行省命令，直到那兀納下令撤軍，才率部返回泉州。
1366年正月，白牌、金阿里等又率領亦思巴奚軍攻陷興化縣、仙游縣進行殺掠。此時，連林珙也開始與陳同、柳伯順和解，決定共同對抗那兀納，1366年二月，林珙、柳伯順聯兵，派李佛保、許應元突襲並攻佔了亦思巴奚軍哈散、黃希善佔據的莆田城，殺死數十名番兵、俘獲哈散並押往林珙所在的莆禧處決，又派杜武惠脅迫一千名民工修築涵頭寨。仙游的白牌、馬合謀在聽說路城失守後就撤回泉州。那兀納隨後出兵反擊，於三月由楓亭經沿海一線北上，亦思巴奚軍在博拜、麻哈謀、金阿里等率領下再度佔領興化、仙游兩縣，並在吳山向林珙發動進攻。林珙據守蠣前寨，而林許瑛則由海路增援，但白牌、馬合謀、金阿里在海上大敗林許瑛部隊，並進兵攻陷莆禧，繳獲了林許瑛的妻子和財產，並將林氏的祖墳、房產、營寨全部毀掉，還在笏石以南兩半島的新安、武盛、奉國、醴泉、合浦一帶燒殺搶掠。孤立無援的林珙只得撤退。
亦思巴奚軍發動內亂、對抗福建行省的行為迫使行省官員決定完全消滅那兀納勢力。1366年三月，白牌、馬合謀、金阿里轉攻柳伯順鎮守的莆田城，進兵熙寧橋，包圍了莆田東南西北四門，只有寧真門沒有遭到進攻，莆田形勢危急。早先曾在閩西與紅巾軍作戰的陳友定的精銳部隊接到福建行省的命令，被調往興化增援柳伯順部。陳友定派遣其子陳宗海率軍於1366年四月連夜從寧真門潛入莆田城，並在次日從西門、南門出城對圍城的亦思巴奚軍發動進攻，這批訓練有素的正規軍迅速擊潰了亦思巴奚軍，在這場戰鬥中，亦思巴奚軍有數千名士兵陣亡，白牌、馬合謀、金阿里也被俘殺，剩餘的士兵疲於奔命，卻在沿途不斷受到對其恨之入骨的興化農民的襲擊，最終僅有4名騎兵回到泉州。
莆田之戰獲勝後，陳宗海立即着手組織對泉州的總攻。五月，陳宗海調發元朝水陸兩路軍隊，水路部隊由林珙帶領，而陸軍在柳伯順部隊配合下由北面向那兀納的大本營泉州發動進攻，而那兀納則強征民眾入伍，以抵抗元朝軍隊。陳宗海軍的監軍陳鉉原是泉州洵美場司丞，他暗中聯絡晉江縣尉龔名安、千戶金吉等人做接應。金吉也是色目人，屬於什葉派穆斯林，因而對遜尼派的那兀納有不滿。在泉州之戰開始後由龔名安率水軍進入東山渡，並引導陳宗海的水軍進攻泉州城，而金吉則在城內打開城門迎接。在裡應外合之下，那兀納最終兵敗被擒，並被押往大都（也有說押往福州的）。亦思巴奚兵亂以元朝政府軍成功鎮壓亦思巴奚軍，平息興化、泉州一帶的戰亂並重新控制泉州而結束。
亦思巴奚兵亂長達近十年之久，對泉州、興化一帶的社會經濟產生了極大的破壞，人民飽受戰亂，死傷無數，尤其在那兀納統治泉州期間大肆搜刮財產和民女，屠戮泉州百姓，對泉州社會造成重創。興化路三縣在戰爭中有超過2萬民眾死亡，4萬多座房屋被焚毀。因為戰爭和兵亂期間教派暴力對抗的關係，泉州很多清真寺都被毀壞，現今僅存通淮街的清淨寺這一座古清真寺，泉州的伊斯蘭教因此衰落。連基督教（天主教）也受到連累，主教哲姆斯離開泉州，泉州基督教因而中斷了約200年。亦思巴奚兵亂帶來了嚴重的族群間的仇視和對立，漢人對色目人的仇恨在亦思巴奚兵亂被平定後開始發泄出來，陳宗海部隊佔領泉州後進行了3日的大屠殺，許多色目人遇害，甚至有漢人因為長着高鼻樑或捲髮而被誤殺的，也有掘墓鞭屍的行為出現，蒲壽庚家族墳墓被掘開，其家族成員更是多有受酷刑之後被殺的。由於戰亂和仇殺，外國商人幾乎不敢赴泉州進行交易，番舶不敢進港，大量番商外逃，外僑社區解體，泉州的海外貿易和商業遭受近乎毀滅性的打擊，經濟一落千丈，泉州港開始走向沒落。
