圣历元年（698年）秋，
突厥南下骚扰河北。武则天命太子为
河北道元帅、狄仁杰为副元帅征讨突厥。时太子不行，武则天命狄仁杰知元帅事，亲自给狄仁杰送行。突厥
默啜可汗尽杀所掠赵、定等州男女万余人退还漠北，狄仁杰追之不及，武则天改任他为河北道安抚大使。面对战乱后的凋残景象，狄仁杰采取了四条措施：一、上疏请求赦免河北诸州，一无所问，使被突厥驱逼行役的无辜百姓乐于回乡生产。二、散粮运以赈贫乏。三、修驿路以济旋师。四、严禁部下侵扰百姓，犯者必斩。很快恢复了河北的安定。
久视元年（700年），狄仁杰升为
内史（
中书令）。这年夏天，武则天到三阳宫避暑，有
胡僧邀请她观看安葬
舍利（佛骨），奉佛教为国教的武则天答应了。狄仁杰跪于马前拦奏道：“佛者，夷狄之神，不足以屈天下之主。彼胡僧诡橘，直欲邀致万乘所宜临也。”武则天遂中道而还。是年秋天，武则天欲造浮屠大像，预计费用多达数百万，宫不能足，于是诏令天下僧尼日施钱以助。狄仁杰上疏谏曰：“如来设教，以慈悲为主。岂欲劳人，以在虚饰？”“比来水旱不节，当今边境未宁。若费官财，又尽人力，一隅有难，将何以救之？”武则天接受了他的建议罢免了其役。
作为一名精忠谋国的宰相，狄仁杰很有知人之明，也常以举贤为意。一次，武则天
狄仁杰肖像
让他举荐一名将相之才，狄仁杰向她推举了荆州长史
张柬之。武则天将张柬之提升为洛州司马。过了几天，又让狄仁杰举荐将相之才，狄仁杰曰：“前荐张柬之，尚未用也。”武则天答已经将他提升了。狄仁杰曰：“臣所荐者可为宰相，非司马也。”由于狄仁杰的大力举荐，张柬之被武则天任命为秋官侍郎，又过了一个时期，升位宰相。后来，在狄仁杰死后的神龙元年（705年），张柬之趁武则天病重，拥戴唐中宗复位，为匡复唐室作出了巨大的贡献。狄仁杰还先后举荐了
桓彦范、
敬晖、
窦怀贞、
姚崇等数十位忠贞廉洁、精明干练的官员，他们被武则天委以重任之后，政风为之一变，朝中出现了一种刚正之气。以后，他们都成为唐代中兴名臣。对于少数民族将领，狄仁杰也能举贤荐能。契丹猛将
李楷固曾经屡次率兵打败武周军队，后兵败来降，有关部门主张处斩之。狄仁杰认为李楷固有骁将之才，若恕其死罪，必能感恩效节，于是奏请授其官爵，委以专征，武则天接受了他的建议。果然，李楷固等率军讨伐契丹余众，凯旋而归，武则天设宴庆功，举杯对狄仁杰说“公之功也”。由于狄仁杰有知人之明，有人对狄仁杰说：“天下桃李，悉在公门矣”。
在狄仁杰为相的几年中，武则天对他的信重是群臣莫及的，她常称狄仁杰为“国老”而不名。狄仁杰喜欢面引廷争，武则天“每屈意从之”。狄仁杰曾多次以年老告退，武则天不许，入见，常阻止其拜。武则天曾告诫朝中官吏：“自非军国大事，勿以烦公。”
久视元年（700年），狄仁杰病故，朝野凄恸，武则天哭泣着说：“朝堂空也。”赠文昌右相，谥曰文惠。唐中宗继位，追赠司空。唐睿宗又封之为梁国公（所以后世称其为：狄梁公）。
