西藏喇嘛教傳入蒙古地區後，和蒙古族固有的薩滿教信仰發生了激烈的衝突。這一點在繪圖本蒙文目連經和《乃濟陀音一世傳》等文獻中都有零星記載。
繪圖本蒙文目連經的一個突出特點是反映了佛教與薩滿教的鬥爭，表現了抑薩滿揚佛法的思想。如目連變文和《佛說目連救母經》認為目連母落入地獄的原因之一是“廣買豬羊，鵝鴨雞犬……劈腹取心，祭祀鬼神。”繪圖本蒙文目連經翻譯這段話時將“劈腹取心，祭祀鬼神”改為“活取豬心，祭祀黑薩滿的翁袞。”（翁袞即蒙古薩滿教的神偶）而且繪圖中表現了目連母親招集薩滿跳神和手持棍棒驅逐喇嘛的場面，以此說明她落入地獄的報應。顯然，它體現了反對薩滿教的思想，並將其納入目連救母故事的因果報應觀念之中。可以說，這是目連救母故事流傳到蒙古地區以後發生的一個較大的變化。這些蒙文目連經的一個重要功能是勸導蒙古婦女信仰佛教，反對薩滿教，為佛教在蒙古地區廣泛流傳起了宣傳作用。⑵
喇嘛教傳入蒙古地區後，蒙古族文學中稱為“Namtar”的傳記文學有了相當的發展。這種傳記文學敍述達賴喇嘛、班禪額爾德尼、米拉日巴、宗喀巴以及對佛教史做出過重要貢獻的人物的事蹟。總的來看，這些著作譯自藏文獻，但也有蒙古族自己的聖人傳記，如《乃濟陀音傳》，是1799年僧人般若薩喀喇據1674年的一些譯本和其他文獻寫成的。傳記歌頌乃濟陀音為弘揚佛法所做的貢獻，又涉及到他在東蒙古地區傳教過程中和東蒙古薩滿巫師發生衝突的事情。該傳記中寫道：
那時候，此地尚未傳播佛教，除了偶有一兩個諾 顏或 先生識字之外，眾人全都供奉翁袞，喜歡巫師和巫婆。早在尊者喇嘛來這裏以前，那些巫師們便說道：將有一位十分神明的喇嘛從西方來，一旦他來，我們就會失去立足之地，因此，你們就是請我們，我們也不去。”
後來，他們果真沒有應邀前來。
卻說，喇嘛降旨道：“你們這個地方的王、貝勒、貝子、公、大小諾顏等虔誠的信徒們，以及從遠近趕來的全體與會者們，你們以往昔之德業與三寶加持之力量，獲得了暇滿之善神，這本來很美妙，然而眾人卻都供奉翁袞，這對於此生此世，不僅無益，反而有害，同時也十分不利於永恆解脫。不過，你們只要放棄供奉翁袞，崇奉卓越的三寶，那麼，今 後肯定會有益於二政。”
諸王、諾顏們非常欽敬喇嘛，按照喇嘛的旨意，紛紛派遣各自屬下的使臣，配合喇嘛的徒弟，每人偕僧侶一人，乘馬分赴各地。他走遍所有的諾顏、官員與平民家裏，命令道： “把翁袞給我們交出來！”
於是，有人當即交了出來，有人不敢親自去拿，努著嘴示意道：“喏，在那兒。”
僧侶和使臣們便把那些翁袞全部都收集起來，從四面八方將翁袞送到喇嘛宅邸外面，堆起足有四片哈納的蒙古包那麼大一堆，用火燒掉了。這樣，謬見受到禁絕，佛教得以光大。
卻說，在杜什地方建起一座小寺，喇嘛住在寺內。因當地于仲冬之月開白花，該寺遂被稱為白華寺。”⑶
除文獻記載之外，在東蒙古地區民間也有不少關於喇嘛和薩滿展開激烈鬥爭的傳說。如郝伯格泰薩滿的傳說中講道：
從打有了喇嘛教，喇嘛也學著博的“卓力格”（即用草或紙、秫秸等製作偶像行巫）開始作“古日木”（藏語，即消禍降福、逐惡引善、驅邪歸正的意思。），給人治病，搶了薩滿的飯碗，所以薩滿非常恨喇嘛，想把他們殺絕。有一天汗·喇嘛（喇嘛王）的一個徒弟給人治病念經，念著念著就睡著了。郝伯格泰看見了召喚道：“查伴召格勒！”（原意為“吃奶食飯吧？”是對蒙古貴族的專用敬辭）喇嘛沒吱聲。再問一句：“烏蘇烏奴？”（喝茶不？）仍不見回答。郝伯格泰知道這喇嘛是睡著了，就說：“還給人家念經治病呢！這回該我給你治治了。”郝伯格泰對喇嘛就開始下手了。
汗·喇嘛沙嘎德爾屈指一算，大驚失色道：“哎呀不好，郝伯格泰把我的徒弟殺了。博這是怕我們奪他們的飯碗呀！得把他們殺了，不然我們喇嘛就遭殃了。”………
汗·喇嘛叫小喇嘛用鞭子抽郝伯格泰。第一鞭打下去，痛到皮肉裏；第二鞭打下去，一直痛到筋骨裏。郝伯格泰求饒了。什麼樣的能耐也經受不住這種鞭子呀！可汗·喇嘛說：“不就是根黑線、白線嗎。你還打不打賭？你還敢不敢欺負喇嘛？你歸順不歸順喇嘛教？”郝伯格泰只好歸順了。汗·喇嘛說：“你叫我什麼？”郝伯格泰說：“叫你師傅。”“那好，你連叫我三聲。”汗喇嘛說。郝伯格泰連叫了三聲。汗·喇嘛就收了線兒。他又一抬胳膊，兩個小喇嘛也回到胳肢窩裏去了。從此，郝伯格泰歸順了喇嘛教，成了白薩滿。這就是白薩滿的來歷。那些不曾歸順喇嘛教的就是黑薩滿。⑷
儘管蒙古上層貴族和統治者極力支持和推行喇嘛教，但薩滿教在蒙古民間擁有深厚的群眾基礎和信仰基礎，對其進行鎮壓和消滅並不容易。喇嘛教傳入之前在蒙古地區占統治地位的意識形態就是薩滿教，薩滿是喇嘛的最強大的敵手。所以喇嘛們視薩滿為向蒙古地區傳教的唯一阻力，以消滅、鎮壓薩滿教作為他們掃除傳教障礙的第一個目標。喇嘛們和蒙古封建上層聯合起來殘酷地鎮壓了薩滿教。《蒙古源流》中談到達賴三世在蒙古地區鎮服薩滿教，沒收各種神像的情況：“……將蒙古地方之龍、鬼、魑魅、駝、馬、牛、羊、貓、雕、狼首各項妖魔，盡行拘收鎮服焉。”這種鎮壓遭到各地薩滿的反抗，薩滿教徒們齊心協力拼命抵制喇嘛教向蒙古地區傳播。類似這種薩滿教抵抗外來宗教的鬥爭在其他信仰薩滿教的民族中也較尖銳。這表明，一種宗教傳入到其他地區時輕而易舉地替代該地區所固有的傳統宗教信仰是不可能的。外來宗教企圖代替本土宗教只能鎮壓和妥協雙管齊下才能夠取得成功。
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